Podczas
pracy na wschodzie kraju, widział Skarga spustoszenie duchowe wywołane
rosnącymi wpływami pierwszej rewolucji - reformacji. "Nie mogę się od
łez powstrzymać, kiedy rozważam, jak Bóg z dnia na dzień utwierdza nas w
przekonaniu, że powołał nas na Litwę, w celu podniesienia katolickiej
wiary" - napisał w liście do generała.Nie zabrakło w życiu Skargi dzieł miłosierdzia, do których należą: Arcybractwo Miłosierdzia (celem było urabianie postawy miłosierdzia chrześcijańskiego wśród braci, modlitwa i czyn - cotygodniowa obowiązkowa jałmużna, o prócz tego dobrowolna, do Arcybractwa zapisał się również Zygmunt III Waza wraz z całym swoim dworem) i Skrzynka św. Mikołaja ufundowana przez Mikołaja Zebrzydowskiego, do niej wpłacało się pieniądze na posagi dla biednych a uczciwych dziewcząt.
Kiedy
zarzucano mu mieszanie się do polityki odpowiadał: "Rzecze kto, ksiądz
się wdawa w politykę. Wdawa się i wdawać się winien, nie w rządy jej
ale, aby jej grzechy nie gubiły i wykorzenione z niej były, a dusze
ludzkie w niej nie ginęły". Państwo porównywał Skarga do ludzkiego
ciała, w którym wszystkie jego członki stanowią jeden organizm.
Zwieńczeniem ciała i tym co góruje nad całością jest głowa, do której
porównuje monarchę. "W ciele ludzkim są dwa przedniejsze członki,
którymi się ciało ożywia i umacnia: serce i głowa[...] Religia i stan
duchowny w ciele Rzeczpospolitej jest jako serce zakryte i wnętrzne, z
którego żywot wieczny pochodzi; a stan królewski jest jako głowa, w
której są do rządu członków wszystkich oczy, uszy i inne smysły
powierzchne[...] Gdy wiara katolicka i duchowny stan naruszony jest,
jako ranne serce, prędką śmierć Rzeczypospolitej przywodzi. Gdy też stan
królewski słabieje i boleje, jako głowa chora, władza członów
wszystkich gnije i boleje i królestwo upada" - pisze Skarga w szóstym
kazaniu. Chwalił monarchię katolicką i panującą w niej hierarchię jako
model nawiązujący do Królestwa Niebieskiego i hierarchicznego Kościoła.
"Na Kościół nowego testamentu i na zakonodawcę jego patrzmy. Jeślić
Chrystus w Kościele swoim monrhiją postawił, pewnie ta jest nalepsza. Bo
tak mądry Bóg nasz, w domu swoim, który tak umiłował, nalazłby inny
rządzenia obyczaj" - argumentuje kaznodzieja króla.Tzw. reformacja jako przejaw egalitaryzmu była w tym wypadku jedną z chorób, które toczą organizm państwa, zaszczepiając w nim pogląd o powszechnej równości i odrzuceniu zasady hierarchii.